События фильма разворачиваются через год после Четвертой мировой войны. Киборг и выдающийся хакер Мотоко Кусанаги из 501-го секретного подразделения вооруженных сил оказывается вовлечена в расследование бомбардировки.

Лучший агент полиции Аи отправляется в параллельное измерение, чтобы поймать преступника из другого мира. Но когда она уже почти настигла его, появляется ее бывшая напарница Юи, которая теперь является членом террористической организации...

После победы над десептиконами на Земле, команда автоботов возвращается на Кибертрон, для того, что бы восстановить его. Вслед за ними возвращается и Юникрон - древнее зло, что бы уничтожить Кибертрон, ядром которого является Праймус - его вечный враг. Автоботы вновь вынуждены сражаться за свою планету.

Шри — самый обыкновенный человек, работающий в телекоммуникационной компании. У него есть любимая девушка, но он пока не может жениться, не имея достаточной суммы денег. Рандхава, богатый бизнесмен, в своей непрерывной погоне за властью выбрал Шри на роль подопытной морской свинки. Шри должен стать последним кусочком головоломки научного эксперимента, который был разработан выдающимся ученым, поддерживается комиссаром полиции и финансируется Рандхавой. В случае успеха, это может изменить их судьбы, жизни, да и вообще весь мир. Наобещав бедолаге светлое и успешное будущее, Рандхава получает согласие Шри на участие в эксперименте, который будет длиться 12 часов. Шри нужны деньги, он доверяется экспериментаторам и продаёт им 12 часов своей жизни. Но как только эти 12 часов начинаются, он обнаруживает, что его простая жизнь перевернута с ног на голову.

Наступило время тяжких испытаний. На просторах галактики бушует бесконечная война, где зловещий Дарк Сидиус и его приспешники состряпали новый план свержения Республики. Тем временем в академии джедаев, магистр Йода обучает молодых падаванов, не подозревая о надвигающейся беде. Под обличием друга, Палпатин заставил Йоду отправится на Альдераан, чтобы помочь Оби-Вану Кеноби. На планете его ждала западня, а пока академия была беззащитна, туда наведался генерал Гривус и похитил священный кристалл, способный оживить бессмертную армию. План тёмной стороны был в шаге от свершения, но они не ожидали, что юные джедаи отправятся в погоню за похитителем.

Идёт 352-й день с начала инопланетного вторжения. Пришельцы ищут генетический ключ, который есть только в генах детей и который исчезает по мере взросления. Главная героиня ведёт ожесточённую войну с инопланетянами после того, как из-за них она лишилась дочери.